Cơ cấu tổ chức: Trung tâm y tế huyện có một giám đốc điều hành theo chế độ thủ trưởng và có hai phó giám đốc giúp việc. Cụ thể như sau:

1. Ông Nông Văn Quân: Giám đốc

2. Ông La Đức Cường: Phó giám đốc.

-         Trung tâm y tế Chợ Đồn có các phòng chức năng như sau:
+ Phòng Tổ Chức – Hành Chính;
+ Phòng Kế Hoạch – Tài Chính;

+ Phòng điều dưỡng.

-         Các khoa chuyên môn thuộc TTYT huyện Chợ Đồn:
+ Khoa nội – nhi – lây
+ Khoa khám bệnh
+ Khoa ngoại sản
+ Khoa dược
+ Đội y tế dự phòng
+ Đội chăm sóc sức khỏe sinh sản.
+ Khoa hồi sức cấp cứu